重庆市酉阳第二中学校前身是清朝酉阳州为举行院试而设置的考棚，故称为“酉州考棚”。自1910年建校以来，历经酉阳中学堂、酉属中学、酉秀黔彭联立中学、酉阳县立初级中学、川东区酉阳中学校、酉阳第一初级中学、酉阳第二中学等历史阶段。2011年2月14日，酉阳县政府把初中部和高中部分成两所独立的学校，初中学校更名为“酉州中学”，高中学校定为“重庆市酉阳第二中学校”。
截至2014年10月，重庆市酉阳第二中学校占地13.6万平方米，建筑面积7.8万平方米，共有100多个教学班，7000余名在校学生，有在岗教职工429人。